SE音が全体的に小さくマイク入力音量とのバランスを取るのが難しいのですが、調整することはできますか？

SEの音量が小さいのではなく、マイクの音量が大きすぎるということです。この現象の原因は、やはりマイクのゲインノブが過剰に調整されていることです。マイクのゲインノブを80%の位置に調整することをおすすめします。